金管局对指定结算及交收系统及交易资料储存库的监察由银行操守部辖下的金融市场基建监察组进行，该组独立于金管局的金融基建部，以发挥制衡作用。金融基建部是金管局的其中一个部门，负责香港的金融基建发展及支付系统运作。此外，金管局亦设有有效的「防火墙」，以防范任何潜在的利益冲突。银行操守部辖下的金融市场基建监察组在监察过程中取得的所有资料绝对保密，只会用于监察用途。
程序覆检委员会由独立人士组成（见委员名单），负责检讨金融管理专员在作出有关其具有法定或实益权益的指定系统的决定时所采用的程序与步骤。有关安排有助确保金融管理专员对所有指定系统（不论有否持有其权益）均采用相同的监察标准。该委员会须向香港特别行政区财政司司长提交年报，如有需要，亦须提交特别报告。经财政司司长批准，年报全文于金管局网站公布，以增加委员会的透明度。
金融市场基建监察组的宗旨，是在符合各金管局负责监察的金融市场基建的保安及该等金融市场基建所处理或相关的数据的合法保密要求的情况下，确保其监察的透明度。有关监察目的、政策、框架及所用方法的资料均载于金管局的网站及不同刊物，并会按需要不时更新。正如上文所述，程序覆检委员会的年报全文经财政司司长批准后于金管局网站公布。
支付系统及储值支付工具上诉审裁处是根据《条例》第34(1)条设立。如任何人因金融管理专员的下述决定而感到受屈，可将该决定提交审裁处覆核：
支付系统及储值支付工具上诉审裁处成员为一组独立人士，由香港特别行政区行政长官委任，主席由法官出任。如就上诉进行聆讯，会由主席及从该小组中选出至少两名成员组成审裁处。
