金管局對指定結算及交收系統及交易資料儲存庫的監察由銀行操守部轄下的金融市場基建監察組進行，該組獨立於金管局的金融基建部，以發揮制衡作用。金融基建部是金管局的其中一個部門，負責香港的金融基建發展及支付系統運作。此外，金管局亦設有有效的「防火牆」，以防範任何潛在的利益衝突。銀行操守部轄下的金融市場基建監察組在監察過程中取得的所有資料絕對保密，只會用於監察用途。
程序覆檢委員會由獨立人士組成（見委員名單），負責檢討金融管理專員在作出有關其具有法定或實益權益的指定系統的決定時所採用的程序與步驟。有關安排有助確保金融管理專員對所有指定系統（不論有否持有其權益）均採用相同的監察標準。該委員會須向香港特別行政區財政司司長提交年報，如有需要，亦須提交特別報告。經財政司司長批准，年報全文於金管局網站公布，以增加委員會的透明度。
金融市場基建監察組的宗旨，是在符合各金管局負責監察的金融市場基建的保安及該等金融市場基建所處理或相關的數據的合法保密要求的情況下，確保其監察的透明度。有關監察目的、政策、框架及所用方法的資料均載於金管局的網站及不同刊物，並會按需要不時更新。正如上文所述，程序覆檢委員會的年報全文經財政司司長批准後於金管局網站公布。
支付系統及儲值支付工具上訴審裁處是根據《條例》第34(1)條設立。如任何人因金融管理專員的下述決定而感到受屈，可將該決定提交審裁處覆核：
支付系統及儲值支付工具上訴審裁處成員為一組獨立人士，由香港特別行政區行政長官委任，主席由法官出任。如就上訴進行聆訊，會由主席及從該小組中選出至少兩名成員組成審裁處。
